L’objectif des inventaires de biodiversité est de pouvoir guider les décisionnaires territoriaux dans la gestion du patrimoine naturel territorial en apportant un outil de connaissance qui leur servira d’aide à la décision. L’objectif de telles études est également d’apporter des données environnementales pour permettre la préservation du patrimoine naturel. Ces données peuvent également servir pour sensibiliser les usagers d'un territoire donné (habitants, élus, gestionnaires, entreprises...).
Des inventaires de biodiversité sont notamment mis en place dans le cadre d’Atlas de Biodiversité Communale ou en amont d’un projet de construction pour la mise en place des séquences ERC (Eviter, Réduire, Compenser) et le suivi d’impact.
Les inventaires de biodiversité sont généralement réalisés par groupes d’espèces ; flore, oiseaux, reptiles, amphibiens, insectes mammifères…
Le groupe des mammifères est un des plus riche et varié du monde vivant. En France, il englobe notamment :
Les mammifères jouent de nombreux rôles dans le fonctionnement et le maintient de l’intégrité des écosystèmes, mais beaucoup d’espèces sont aujourd’hui menacés par les pratiques agricoles intenses, la fragmentation de leurs habitats ou le trafic routier, par exemple. L’étude de la présence et de la répartition des mammifères sur un territoire est donc cruciale pour établir des plans d’action, de protection et de gestion en leur faveur, mais également en faveur des continuités écologiques.
Les mammifères, bien qu’appartenant au même grand groupe d’espèces, ont des écologies très diverses en termes de mode de vie, de régime alimentaire, de comportement, socialité ou habitat… Inventorier l’ensemble de ce taxon n’est donc pas une tâche aisée et nécessite méthode, expertise et organisation.
Lors de la réalisation d’un inventaire mammifères, il est nécessaire de prendre en compte la diversité d’espèces appartenant à ce vaste groupe dans la mise en place d’un protocole d’inventaire afin de garantir la qualité du recensement. Généralement, il est utile de combiner plusieurs méthodes de suivis pour maximiser la récolte de données naturalistes et avoir les données les plus exhaustives possibles.
Dans le cadre de ses études de la faune, Foxaly utilise différentes méthodes de prospection pour les mammifères.
La recherche de contacts directs d’indices de présence.
Les mammifères sont souvent nocturnes ou crépusculaires et s’observent difficilement dans la nature. Ainsi, la recherche et l’identification des indices de présence laissés par ces animaux sur leur passage (empreintes, déjections, reliefs de repas, nids, coulées) constituent un moyen efficace de détection de leur présence, notamment pour les espèces discrètes. Ces indices peuvent être trouvés sur un chemin, au pied d’un arbre ou au bord d’un point d’eau, par exemple. Ainsi l’attention portée aux éléments du milieu comme les flaques de boue ou à la végétation permet d’apporter des données sur la présence de nombreuses espèces. Les nids, fèces, coulées et restes de repas sont de bons indicateurs de présences, facilement attribuables à une espèce. Par exemple, les indices pour les ongulés (cerfs, chevreuils, sangliers) et les lagomorphes (lièvres et lapins de garenne) sont nombreux et visibles (fèces, couches, terriers).
L’inspection de postes stratégiques comme les voies de déplacement, coulées, gîtes, restes de repas, empreintes, fèces est donc un des meilleur moyen d’identifier la diversité spécifique en mammifères. Le contact direct peut aussi être employé en cas de rencontre, notamment pour les ongulés qui sont facilement visibles de jour et identifiables à l’œil nu ou aux jumelles.
La pose de piège photo.
Le piège photographique est un excellent outil d’appréhension de la diversité faunistique présente sur un site. C’est également un bon outil de communication, car il permet de fournir des données visuelles de bonne qualité. Les pièges photo ont de nombreux avantages : ils ont un bon taux de détection de la faune de par leur fonctionnement 24h/24 sur de longues périodes et en toutes conditions météorologiques, pour un investissement raisonnable et peu de temps sur le terrain. De plus c’est une méthode discrète qu’il est possible de mettre en place à proximité de sites sensibles et donnant une qualité d’image suffisante pour identifier les espèces. Bien positionné, un piège permet d’avoir un spectre de détection allant des grands ongulés au mulot. Bien que non exhaustive la méthode de piégeage constitue un excellent complément pour l’apport de données naturalistes, notamment pour les mammifères.
Le piégeage photo consiste à fixer un appareil photographique à déclenchement automatique (capteur de mouvement thermique) sur un arbre dans la zone d’étude, à proximité d’indices de présence découverts lors de la prospection ; devant un passage supposé de la faune, par exemple. Les sessions d’enregistrement se déroulent sur plusieurs jours pour obtenir un échantillon représentatif des mammifères les plus courants sur un site. Les mouvements sont détectés par un capteur infrarouge déclenchant la prise de vue lors du passage d’un animal, aucun flash n’est utilisé pour ne pas effrayer les animaux. L’appareil photo est relevé à la fin de la session et les photographies et vidéos de la carte mémoire sont analysées pour noter les différentes espèces photographiées.
L’ADN environnemental.
La méthode d’inventaire par métabarcoding d’ADN (ou ADN environnemental) peut être mise en place pour certains inventaires. Cependant, elle peut rapidement devenir coûteuse si le nombre de sites à étudier est important. Cette méthode permet d’identifier par prélèvement d’échantillon environnemental la présence des espèces d’un taxon entier (ici, mammifères). Elle est particulièrement utile pour détecter la présence d’espèces pouvant facilement échapper à l’œil d’un observateur lors de la prospection, comme les espèces rares, cryptiques ou présentes à faible densité. L’ADN environnemental a pour avantage d’être une méthode très précise et non invasive (pas de manipulation de la faune).
On peut également utliser cette méthode pour analyser le régime alimentaire des mammifères en analysant l'ADN des proies, contenue dans des fèces.
L’analyse des pelotes de réjections pour les micromammifères.
Même s’il est possible de localiser certaines espèces de micromammifères à l’aide d’indices de présence, comme les taupinières, les fèces caractéristiques du Campagnol amphibie ou les reliefs de repas spécifiques aux Muscardins, il reste compliqué de recenser ces petits mammifères très discrets.
La méthode la plus efficace pour les inventorier consiste à identifier leurs crânes dans les pelotes de réjection des rapaces nocturnes qui sont de bons indicateurs de présence des communautés de micromammifères, dont ils se nourrissent. En outre, cette méthode n’est pas invasive et nécessite un faible investissement matériel.
Les pelotes de réjection sont des boulettes régurgitées régulièrement par certains oiseaux et contenant les restes non digérés de leur repas comme les os et les poils. Les rapaces sont de grands consommateurs de micromammifères et il est possible de collecter facilement des pelotes au pied de leurs reposoirs. Les rapaces nocturnes comme l’Effraie des clochers (Tyto alba) ou la Chouette hulotte (Styx aluco) présentent les pelotes de réjections les plus intéressantes pour l’étude de la diversité spécifique en micromammifères, car ces espèces sont sédentaires, elles chassent donc dans des territoires autour des sites où elles nichent et leurs sucs digestifs peu puissants permettent de conserver les restes osseux de leurs proies pour permettre une identification aisée, contrairement aux rapaces diurnes.
Les pelotes récoltées sur un site d’étude sont disséquées et triées à sec puis les crânes, et notamment la dentition, sont nettoyés puis identifiés à la loupe binoculaire à l’aide de clés d’identifications. Ce travail permet ainsi un inventaire des espèces de micromammifères sur un territoire.
Des méthodes plus invasives.
D’autres méthodes spécifiques au recensement des micromammifères peuvent être utilisées, comme la capture. Très utile pour collecter des données de population cette méthode peut cependant s’avérer dangereuse, voire mortelle (bien que certains pièges soit non vulnérant) pour la faune et demande beaucoup d’organisation et de temps sur le terrain pour la mettre en œuvre. Dans le cadre d’un inventaire, cette méthode n’est donc pas la plus optimale. De plus, comparativement, la méthode d’échantillonnage par analyse de pelotes de réjection est plus efficace que par capture en ce qui concerne le nombre d’espèces détectées et l’effort d’échantillonnage.
Avoir le moins d’impact possible sur la faune lors des études.
D’autres méthodes de suivi des mammifères existent : captures, pièges à poils, capteurs d’empreinte. Cependant, ces méthodes sont plus coûteuses et contraignantes à mettre en place pour la réalisation d’un inventaire, souvent mis en place sur plusieurs sites, et nécessitant de nombreuses heures sur le terrain et pouvant parfois mettre en danger un animal (cas des pièges par exemple). Ces méthodes peuvent être mises en place dans le cadre de suivis très spécifiques.
Foxaly choisit de proposer et réaliser des protocoles d’inventaires ne dégradant pas les milieux étudiés et ne mettant en péril aucune des espèces présentes (mammifères et autres taxons) sur un site. Son choix est également de rendre les inventaires accessibles aux communes en proposant des méthodes peu coûteuses (temps et matériel).
En résumé, il existe plusieurs méthodes d’inventaire de la biodiversité pour les mammifères. Généralement, il est utile d’en combiner plusieurs afin d’être le plus exhaustif possible. C’est pour cela que dans le cadre de ses inventaires de la faune, Foxaly emploie des protocoles de prospections de la biodiversité variés tels que la recherche d’indices, le piégeage photo, l’ADN environnemental ou encore l’analyse de pelotes de réjection.
En amont d’un inventaire, il est toujours utile de réaliser une recherche bibliographique afin de faire un état des lieux des données et connaissances récoltées sur les mammifères présents sur le territoire de prospection. Ce premier état des lieux permet d’appréhender la faune qu’il est possible de rencontrer sur un territoire à prospecter et ainsi d’adapter les protocoles de façon pertinente pour répondre aux enjeux de l'inventaire (connaissance, gestion, préservation...).
Rédaction : Camille Pilisi
Photographies : Camille Pilisi
